El Instituto de Ciencias y Artes fue creado el 26 de agosto de 1825 bajo del decreto del entonces gobernador Ignacio Morales, con la protección del congreso local; pero fue hasta enero de 1827 que abrió sus puertas, siendo Fray Francisco de Aparicio, sacerdote de ideas liberales, su primer rector.

En 1845 el instituto deja de brindar la carrera eclesiástica y se favorecen a la de derecho y medicina; teniendo nuevas carreras como Comercio, Farmacia y Economía Política. En 1852, se agregaron las cátedras de Farmacia y Economía Política. En 1862, se fundaron las clases de Litografía y Tipografía y es en 1874 cuando se establece la carrera de Administración.

A los pocos años de su fundación, Benito Juárez obtuvo su título de abogado; después de Juárez surgió aquel grupo de personas destacadas, entre los que se encuentran Ignacio Mariscal, Ignacio Mejía, Porfirio Díaz, Marcos Pérez, Manuel Ruiz, Matías Romero, Miguel Castro y Félix Romero.

En 1860, el instituto se trasladó al edificio de Independencia y Macedonio Alcalá y para el 17 de enero de 1955 cambió su nombre a Universidad “Benito Juárez” de Oaxaca.

En el año de 1902, se realizaron mejoras al interior del edificio Central de Derecho, se abrieron ventanas hacia los corredores, además de otros detalles, a efecto de ponerlo en buenas condiciones para conmemorar el primer centenario del natalicio de Benito Juárez, el 21 de marzo de 1906.